El día 2 de diciembre de 1993, un día después de haber cumplido 44 años, Escobar fue arrinconado por las fuerzas armadas y por las amenazas que pesaban sobre su familia. Trató de negociar su rendición, condicionándola a la salida del país de su mujer y sus hijos, pero esta vez su propuesta no halló eco entre el poder Ejecutivo. Si bien logró evadir al Bloque de Búsqueda durante seis meses más, la muerte de su jefe de seguridad El Angelito (León Puerta Muñoz), en octubre de 1993, lo dejó desprotegido, al mando ya de sicarios rasos. Finalmente, la preocupación por la situación de su esposa e hijos
―refugiados en Residencias Tequendama bajo estricta vigilancia policial después de buscar fallidamente asilo en Estados Unidos y Alemania― fue utilizada como carnada por el Gobierno para atraer a Escobar quien hasta ese momento padecía problemas gástricos y presuntamente había anunciado formar un grupo armado denominado Antioquia Independiente.
El Bloque de Búsqueda se entregó a la tarea de localizar a Escobar hasta que, después de un año y cuatro meses de intensas labores de inteligencia, el 1 de diciembre de 1993, consiguió rastrear y localizar seis llamadas que Escobar le hizo a su hijo.
Previamente unidades de inteligencia de señales de la DIJIN habían localizado mediante tecnología francesa y británica adquirida por la Policía Nacional en 1991 y operada por oficiales y suboficiales de inteligencia de la Policía colombiana.
En una entrevista con Gilberto Rodríguez Orejuela, éste dijo haber ayudado a la compra de dicha tecnología.
Esa misma tarde del 2 de diciembre de 1993, unidades del bloque de búsqueda rodearon la casa donde se ocultaba una vez fuera localizado en el barrio Los Olivos, un barrio de clase media de la ciudad de Medellín. Al momento de ser descubierto en su escondite, lo cuidaba solamente un sicario, Álvaro de Jesús Agudelo (alias El Limón), el cual murió abatido cuando se enfrentó con los agentes que ingresaron a la vivienda donde se ocultaba el capo.
Al verse acorralado, Pablo Escobar intentó escapar por los tejados de las casas aledañas, pero murió durante la huida de un disparo en el corazón.
De su muerte existen varias hipótesis
- Se suicidó mediante un disparo debajo del oído, lo que se vio en la exhumación del cadáver. Esta versión coincide con el lema de los Los Extraditables: «Preferimos una tumba en Colombia a una cárcel en Estados Unidos» y es la versión que defiende su familia.
- Le disparó un francotirador del grupo Los Pepes.
- Le disparó un oficial de la DIJIN que formaba parte del Bloque de Búsqueda.
- Le disparó un francotirador de la Delta Force.
- Le disparó el tiro de gracia el coronel Hugo Heliodoro Aguilar, quien lideró el grupo de asalto que llegó a la casa.
- Le disparó Carlos Castaño Gil, máximo líder de las Autodefensas Unidas de Colombia (AUC), según una confesión de un paramilitar llamado Antonio Hernández, conocido por el alias John.
- Fue acribillado por un escuadrón del Bloque de Búsqueda.
- Esta escena se representa en un célebre cuadro de Botero, y es la versión oficial.
La muerte de Escobar generó distintas reacciones: su familia y sus protegidos lloraron su muerte, y a su entierro asistieron miles de personas, en su mayoría de los barrios pobres de Medellín.
Pero la prensa y el Gobierno lo consideraron un triunfo en la lucha contra las drogas y el principio del fin del tráfico de estupefacientes, lo que no ha sucedido hasta la fecha; hoy en día guerrilleros, paramilitares y grupos de delincuencia organizada conocidos como Bacrim (Bandas Criminales) se disputan el negocio del narcotráfico. Aunque inmediatamente a su abatimiento, los carteles de Cali y Norte del Valle tuvieron control del narcotráfico hasta sus respectivas disoluciones.
Entre los mitos sobre su muerte figura uno que dice que no murió, que contrató a un doble y que está escondido disfrutando de su dinero.
Entre quienes lo consideran muerto, aún su imagen continúa muy vigente y es utilizada políticamente. Sus fotos se venden al lado de las del Che Guevara.
Incluso en algunos sitios todavía es venerado como un santo y en su tumba se depositan ofrendas. Su leyenda forma parte del circuito turístico de Medellín.
Su hacienda en el campo ahora es un museo visitado por miles de turistas al año. Su imagen tiene tanto peso que continúa siendo utilizada incluso para las campañas políticas,la venta de camisetas o remeras en Austria, Estados Unidos, Guatemala y México, la venta de álbum de figuritas para niños, relojes con su imagen y libros sobre su vida.
